在堆肥过程中，通风有供氧，散热和去除水分作用，通风控制在很大程度上取决于空气的供给方式①翻堆（自然通风）②强制通风，有正压鼓风、负压抽风和由正压鼓风与负压抽风组成的混合通风；③翻堆与强制通风的结合方式；④被动通风.因热气上升引起的"烟囱效应"使空气通过堆体的方式称为被动通风方式,应用此通风方式的堆肥系统称为被动通风条垛系统,如图1,穿孔管的孔朝上，它不需要翻堆和强制通风，所以同条垛和强制通风静态垛系统相比，它大大地降低了投资和运行费用。自然通风和被动通风常用于条垛系统，强制通风静态垛系统和反应器系统均采用强制通风。在不同的堆肥阶段，条垛系统翻堆的频率不同，需根据具体情况而定，通常采用温度作为是否翻堆的标志（堆体中心温度为55或60℃）.如用稻草、谷壳、干草、干树叶、木片或锯屑作调整剂且与污泥形成的混合物的含水率约为60%，堆体建好后第3天翻堆，然后每隔一天翻堆一次直至第4次，从第4次翻堆后，每隔4或5天翻堆一次。如果用废纸做调理剂，只要污泥混合物含水率不超过50%，便可如下频率进行翻堆.
不同的通风方式对堆肥过程有不同的影响,采用自然通风(翻堆)、被动通风和强制通风对猪粪（含水率高达76%）堆肥研究表明：在被动通风和强制通风下，堆温下降较快，但它们能更有效地向堆体供氧；而在被动通风和自然通风方式下。堆体中心温度＞55℃的时间较长.同其它通风方式相比,强制通风易于操作和控制,并且是为堆料生物降解提供氧气的最有效方法,然而它对通风管附近的堆料有明显的冷却效应。